个人资料
教育经历工作经历个人简介宋益东，南开大学特聘副研究员，主要从事蛋白质结构与功能预测、蛋白质设计、AI Agent、AI合成生物学领域研究。在权威期刊、会议发表多篇高水平文章，包括Nature 子刊Nature Communications，中科院Top 期刊Cell Discovery、Communications Biology，计算机顶会KDD等，获得合成生物学期刊2023 年第3期封面文章。担任Nature Biotechnology，Communications Biology，KDD 2026，ICML 2026等期刊会议审稿人，担任BIBM 2025&2026程序委员会委员，CCF生物信息学专委通讯委员。2024入选首批中国科协青年人才托举工程博士生专项计划，2024年入选腾讯犀牛鸟精英人才计划（仅 50 余人），并获深圳市第四届优秀科技学术论文。在腾讯AI Lab、腾讯生命科学实验室、国家超级计算广州中心有丰富的科研经历，在AIntibody全球抗体发现与设计大赛中取得Top finalists的优异成果。 研究领域1. 蛋白质结构与功能预测 2. 蛋白质设计 3. 抗体药物设计与优化 4. AI Agent 5. AI合成生物学 教学工作科研项目论文著作[1] Song, Y., Yuan, Q., Chen, S. et al. Accurately predicting enzyme functions through geometric graph learning on ESMFold-predicted structures. Nature Communications 15, 8180 (2024). （第一作者，Nature 子刊，中科院一区 Top 期刊） [2] Song Y, Yuan Q, Zhao H, et al. Accurately identifying nucleic-acid-binding sites through geometric graph learning on language model predicted structures[J]. Briefings in Bioinformatics, 2023, 24(6): bbad360. （第一作者，JCR 一区） [3] Song Y, Yuan Q, Chen S, et al. Fast and accurate protein intrinsic disorder prediction by using a pretrained language model[J]. Briefings in Bioinformatics, 2023: bbad173. （第一作者， JCR 一区） [4] Yidong S, Qianmu Y, Yuedong Y. Application of deep learning in protein function prediction[J]. Synthetic Biology Journal, 2023, 4(3): 488. （第一作者，中国生物工程学会会刊） [5] Zhu M, Song Y, Yuan Q, et al. Accurately predicting optimal conditions for microorganism proteins through geometric graph learning and language model[J]. Communications Biology, 2024, 7(1): 1709. （共同第一作者，中科院一区，Top 期刊） [6] Hu C, ..., Song Y，Zheng Y. A Sliced-Wasserstein Framework on Correlation Matrices for EEG Decoding[J]. arXiv preprint arXiv:2606.06104, 2026. (共同通讯，KDD 2026, CCF A) [7] Niu C, Huang X, ..., Song Y, et al. R1-32-like public antibodies acquire tolerance to SARS-CoV-2 antigenic drift through somatic hypermutation[J]. PLoS biology, 2026, 24(9): e3003996. (共同第一作者, 中科院一区，Top期刊) [8] Wu F, Zhao Y,..., Song Y, et al. De novo design of epitope-specific antibodies via a structure-driven computational workflow[J]. Nature Communications, 2025. (Nature 子刊，中科院一区 Top 期刊) [9] Tang Z, Wang F,..., Song Y, et al. scTransMIL Bridges Patient-Level Phenotypes and Single-Cell Transcriptomics for Cancer Screening and Heterogeneity Inference. Nature Communications, 2026. (Nature 子刊，中科院一区 Top期刊) [10] Kong Y, Shi J,..., Song Y, et al. A synergistic generative-ranking framework for tailored design of therapeutic single-domain antibodies. Cell Discovery, 2025. (中科院一区 Top 期刊) [11] Yuan Q, Tian C, Song Y, et al. GPSFun: geometry-aware protein sequence function predictions with language models[J]. Nucleic Acids Research, 2024: gkae381. （中科院 Top 期刊） [12] Liu H Q, Lin S Y, Song Y D, et al. Machine learning on MRI radiomic features: Identification of molecular subtype alteration in breast cancer after neoadjuvant therapy[J]. European Radiology, 2023, 33(4): 2965-2974. （医学顶刊， JCR 一区） [13] Tian Z, Zhou J, ..., Song Y, et al. PRIME: A Pretrained Representation–Induced Model for 3D Molecules in De Novo Binder Design. 2026. (KDD 2026, CCF A) Preprint: [1] Song Y, Wu F, Wang R, et al. Optimizing broadly neutralizing antibodies via all-atom interaction modeling and pre-trained language models[J]. bioRxiv, 2026: 2026.01. 20.700456. (第一作者) [2] Wang R, Wu F,..., Song Y, et al. A generative foundation model for antibody design[J]. bioRxiv, 2025: 2025.09.12.675771. (共同第一作者) [3] Yan Q, Huang X,..., Song Y, et al. AI recognizes convergent somatic hypermutation signatures to allow the discovery of variant-resilient broadly neutralizing antibodies[J]. bioRxiv, 2025: 2025.12. 10.693372. (共同第一作者) 学术交流荣誉奖励2025，荣获 Nature biotechnology 全球抗体发现与设计大赛 Top finalists 2024，入选首批中国科协青年人才托举工程博士生专项计划 2024，入选腾讯犀牛鸟精英人才计划（仅 50 余人） 2024，获深圳市第四届优秀科技学术论文 2023，合成生物学期刊2023 年第3期封面文章 学术成果 |